한편 조선은 정치와 경제면에서 혼란과 어려움을 겪고 있었다.
연산군 집권 이후 명종 대에 이르는 ‘4대 사화(四大士禍)’와 훈구(勳舊)·사림(士林)세력의 사이의 계속된 당쟁으로
인해, 정치 기강은 해이해지고, 전제(田制)와 세제(稅制)의 문란 등 여러 곳곳에서 폐단이 나타나고 있었다. 특히 중앙에서의 당쟁은 곧 지방으로까지 번져 국내는 정치적 불안 속에 놓여 있었으며, 부당한 관리 임명에 따른 시정의 문란으로 조정을 향한 백성들의 민심은 이미 떠났다. 더구나 외침을 방어하기 위한 노력과 관심은 찾아볼 수 없어 각 군영의 병기들은 녹슬고 있는 실정이었다.

뿐만 아니라, 이러한 실정을 파악한 조정이나 일부 정치인들이 이에 대한 시정과 방비에 관한 명령을 내리기도 했지만, 이 명령은 형식적으로만 행해지고 있을 뿐이었다.

그 후 나라 안팎의 실정을 어느 정도 파악한 조정에서는 여진족(女眞族)이나 일본의 군사적 침입에 대비한다는 뜻에서 비변사(備邊司)를 상설기관으로 설치하여 국방에 대한 강력한 방비책을 세우기도 했다. 또한 병조판서로 있던 율곡(栗谷) 이이(李珥)는 1583년(선조16년)에 ‘십만양병설’을 주장했지만, 태평 속에서 당쟁에만 몰두하던 관리들에 의해 실현되지 못했다.

이와 같은 조정의 무능과 부패는 당시의 수군과 육군을 막론한 일선 지휘관들에게까지 미치고 있었다. 이들 지휘관들은 외형상의 위용만을 유지하는데 만족하면서, 내부적으로는 군사들의 전투준비와 군비의 유지 등에 태만하여 변방은 무방비 상태나 다름이 없었던 것이다.