정치·군사에 대한 관심은 전란 이전보다 확대됐다. 그 일환으로 비변사의 기능이 대폭 강화되어 군사 문제에만 관여하던
이전의 기능에서 국정의 전반을 다루게 된 반면, 의정부의 행정력은 축소되었다.

전란으로 인하 문화재의 손실도 막대했다. 불국사와 경복궁·창덕궁·창경궁 등의 많은 건축물과 서적·미술품 등이 소실되고 약탈되었다. 역대 실록이 보관되어 있던 사고(史庫) 역시 전주사고를 제외하고 모두 소실되었다.

임진왜란은 동아시아의 정세에도 많은 변화를 가져왔다. 명나라는 조선에 원군을 파견한 것으로 국방력이 약화되었고, 이로 인해 임진왜란을 틈타 세력을 확장하던 여진에게 침략의 기회를 제공했다. 조선 역시 명나라의 원군으로 숭명사상이 고취되어 북방의 정세를 제대로 파악하지 못했다. 결국 중원은 명나라가 멸망하고 청제국이 새롭게 건설됐다. 이는 후에 병자·정묘호란으로도 이어져 조선은 임진왜란의 상처에서 채 벗어나기도 전에 다시 전란을 겪어야 했다.

일본 역시 도요토미 히데요시의 무리한 조선 원정으로 봉건 제후들의 세력이 급격히 저하됐고, 히데요시의 사망 이후 도쿠가와 이에야스(德川家康)가 정권을 장악하여 세키가하라 전투에서 반대세력을 몰아낸 뒤 새롭게 에도막부 시대를 열었다.
또한 일본은 정권의 변화와 더불어 문화적으로도 발전의 계기를 마련했다. 조선으로 퇴각하면서 포로로 끌고 간 도공(陶工)들로 인해 일본의 도자기 제조는 많은 발달을 가져왔고, 서적의 유입으로 주자학을 비롯한 학문과 사상적 도약을 이룩할 수 있었다.