이때 코르시카 섬에서는 프랑스를 반대하는 폭동이 일어나, 코르시카 섬은 프랑스군에게 포위되어 있었다. 영국 함대는 프랑스군을 공격했으나 성공하지 못했다. 이때 그는 오른쪽 눈에 파편을 맞아 실명상태에 놓이게 되었다.

1794년 말에 그가 소속되어 있는 함대 사령관이 호섬(Hotham William)으로 교체되자, 코르시카 섬의 요새를 탈취하기 위해 영국 함대는 코르시카 섬에 대해 다시 공격전을 벌였다. 이때 넬슨은 2시간의 격전 끝에 120문의 함포가 설치되어 있는 프랑스의 거함을 포획했다.

그의 함대사령관이 다시 제비스(Jevis John)로 교체되자, 60살의 노령인 제비스는 전함 함장인 넬슨을 함대의 부사령관 격으로 우대했다. 지중해의 연해안 지방을 프랑스 육군이 장악하자, 제비스는 영국 함대를 지중해 서쪽 입구인 지브롤터로 철수시켰다.

영국 함대 사령관 제비스가 그의 함대를 지브롤터 근처의 빈센트 곶에 집결했을 때 에스파냐 함대와 프랑스, 덴마크 함대가 연합한 27척의 함대가 영국 본토를 공격하기 위해 항행하는 것을 포착한 넬슨은, 자기가 탑승한 군함 단독으로 7척으로 편성된 에스파냐의 전대(戰隊)에 돌입하여 2척의 적 군함을 포획함으로써 빈센트 곶 해전의 승리의 계기를 마련했다. 이 해전의 승리로 넬슨은 선임 소장으로 승진했다.

1798년 8월초에 그가 지휘하는 전함 14척으로 편성된 영국 함대는 알렉산드리아 항에 도착했다. 이때 지중해의 연해안 지방에서 활동하던 프랑스 육군을 지원하기 위해 군함 13척으로 편성된 프랑스 함대가 나일 강구에 정박하고 있었다. 이 사실을 발견한 넬슨은 프랑스 함대가 전투대형을 갖추기 전에 이를 신속하게 공격했다. 이 해전은 해가 진 뒤부터 시작하여 다음날 날이 밝을 때까지 계속되었으며, 마침내 그는 프랑스 함대를 전멸시켰다.

이렇게 하여 영국 함대는 지중해의 제해권을 장악하게 되었으며, 이 나일 강구 해전은 후의 트라팔가 해전과 더불어 넬슨이 함대를 독자적으로 지휘하여 얻은 2대 승첩 중의 하나가 되었다.
넬슨은 정부였던 엠마와 2년 동안 함께 동거를 했고, 그녀는 임신을 하여 딸 호리타를 낳았다. 이러한 부도덕성으로 인해 그는 칭찬과 비난을 함께 받았다. 이어 그는 함대 사령관 파커(Parker, Hyde)의 부사령관으로 임명되었다.

파커가 지휘하는 영국 함대는 1801년 4월 초에 코펜하겐 해전을 거행했다.
이 해전에서 파커는 넬슨에게 모험적인 공격을 하지 말라고 지시했으나, 그는 이 지시에 따르지 않고 과감하게 적 함대를 공격하여 적에게 6천여 명의 병원 손실을 내게 한 후 적 함대를 분산시켜 승리를 거두었다. 이때 영국 함대의 병원 손실은 1천 명이었다고 한다. 이 코펜하겐 해전의 승리로 그는 영국 함대 사령관으로 임명되었다.

1805년 10월 21일, 넬슨은 프랑스의 빌뇌브(Villenneuve. Pierre de)제독이 지휘하는 프랑스와 에스파냐 연합 함대 33척을 27척의 영국 함대를 이끌고 맞았다. 그는 치열했던 이 난투전에서 빌뇌브를 포로로 붙잡고 20여 척의 전함을 나포하고 적 병력 14,000여 명 중 절반을 포로로 붙잡았다. 그러나 넬슨은 이 해전을 승리로 이끌지만 적의 소총 저격탄을 가슴에 맞고 전사했다.