현충사는 1704년 아산지방 유생들이 숙종임금께 사당건립을 상소한 바, 숙종32년(1706년)에 이를 허락하여 사당을 건립하게 되었는데 그 자리가 현재의 충무교육원이다. 1707년 4월 숙종임금께서 顯忠祠(현충사)란 액자를 하사하였으며 1727년에는 조카인 강민공 이완, 1732년에는 5대손 충민공 이봉상을 추가로 배향하였다.
1868년(고종5년)에는 대원군의 서원철폐령에 의해 서원을 겸하고 있던 현충사도 함께 철폐되었으며, 1905년 11월 을사보호조약이 맺어지자 이에 분노한 유림들이 1906년 2월 현충사 유허비를 건립하였다. 그 후 일제의 탄압으로 충무공 묘소가 일본인의 손에 넘어갈 지경에 처하자 이 소식에 접한 우리 민족지사들이 이충무공유족보존회를 조직하고 충무공 선양을 통해 민족정기를 바로 세우고자 온 국민의 성금을 모아 1932년 6월 5일 현충사를 중건하였다. 1962년 4월 28일 제417회 탄신기념제전에 최초로 국가원수가 참석하였으며 1966년 4월 17일 고(故) 박정희 대통령의 성역화 지시에 따라 1967년 5월 24일 본래의 사당(구본전) 위편에 총건평 63.1평의 순한국식 사당으로 새로 지었고, 구본전은 배전(拜殿) 으로 사용하다가 유물관 옆으로 이전하였다.