1868년 대원군의 서원철폐령에 따라 최초의 현충사 사당이 자취를 감추었으며 일제 강점기에는 일본의 민족말살정책에 의하여 종손(13대 종손 李種玉)의 가산이 쇠진되어 채무에 허덕이게 되었다.
그리하여 동일은행호서은행의 경매에 따라 충무공 묘소 임야와 위토(位土)마저 일본인의 손에 넘어가게 될 지경에 이르러 이 소식이 1931년 5월 동아일보에 보도되자 뜻 있는 인사들이 이충무공유적보존회를 조직하고 동아일보사와 협력하여 전국 각지에서
총16,021원 30전의 성금을 연 2만명의 인원으로부터 모금, 빚을 갚고 남은 금액으로 1932년 6월 5일 현충사 낙성식과 청전(靑田)
이상범(李象範)화백이 그린 영정봉안식을 동시에 거행하였으며 아울러 현충사 사적비를 세우게 된 것이다.
그러던 중 1967년 성역화사업으로 새로이 본전이 신축되자 한동안 배전(拜殿)으로 사용하다가 1968년 9월에 유물관 옆 지금의 위치로 이전하였다.